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福建有四座民航机场：厦门高崎（XMN）是最繁忙的国际枢纽；福州长乐（FOC）；泉州晋江（JJN）；以及直通茶山的武夷山（WUS）。厦门与香港、澳门、曼谷、新加坡、马尼拉、首尔、大阪、阿姆斯特丹有直飞。福州长乐机场已通过 2025 年底开通的地铁 F1 线，在 40 分钟内直达市区。
高铁是默认主干。2023 年底通车的 350 km/h 福厦高铁，最快车次已把福州—厦门压到约 55 分钟；厦门—泉州约 30 分钟；福州—武夷山 1–2 小时；厦门—武夷山 2 小时 20 分至 4 小时不等。合福线串联福州与长三角，珠海—福州直达列车将福建接入大湾区。地铁方面，福州运营 1、2、4、5、6 号线及 F1 机场线；厦门开通 3 条线，另有高架 BRT 骨干。两城票价约 ¥2–8。
离岛与土楼：鼓浪屿仅有轮渡（7–20 分钟，¥35–80），从厦门国际邮轮中心或海沧嵩屿码头出发；马祖列岛由台湾管辖，可由台北松山飞抵，或乘"小三通"渡轮自马尾（福州）至南竿。土楼方向建议高铁至南靖站再转包车，自厦门全程 3–4 小时。不建议自驾——境外驾照在大陆不被承认——应以高铁、地铁、滴滴与预约司机为主。